調查指海事處員工只因循向來或舊有做法，導致海事處在執行監管本地船隻的制度方面重重出錯。廖說，驗船官雖做事保守，未必主動做事，但該情況不會很廣泛，「個別情況係有，任何機構都有咁嘅情況。」 家屬代表大律師質疑，廖曾否嘗試主動了解部門各自為政的問題？廖指，海事處要處理過百條法例，「我無咁嘅時間做呢樣嘢」。
港燈小輪「南丫四號」在 2012 年沉沒後，被揭發從沒安裝水密門，17 年間卻通過海事處重重檢驗。因海難入獄的海事處助理處長指，負責傾斜測試及最後檢驗的驗船官理應檢查水密門，而船廠、船東亦有責任驗收船隻。政府內部調查，對海事處作出數項批評，包括溝通不足及缺乏監察機制，時任處長否認大多批評，指只是「個別情況」。
死因研訊至今共傳召 45 名海事處證人作供，他們分別負責審批圖則及驗船，都沒有留意到「消失的水密門」及穩性計算不符合法規，但無人在庭上認錯。
前海事處助理處長蘇平治 2018年出獄，在死因庭上稱，2019 年開始船隻有關的代理工作，包括融資，出入口及買賣。
蘇在任時加強培訓 惟同事仍對法規未有了解
海難後共有兩名海事處人員入獄，其中一名是時任助理處長蘇平治。蘇被揭發於 2007 年至 2013 年間出任首席驗船主任，曾指示下屬不執行船舶須配備兒童救生衣的新例。因公職人員失當罪成判監 16 個月，後來刑期上訴得直，獲減刑至四個半月。蘇平治在死因庭上供稱，大學時修讀船舶設計，在 1989 年加入海事處，主要負責遠洋船，2007 年擔任本地船舶安全部總經理。
蘇指，期間曾推行內部培訓，以符合國際標準，令驗船官熟悉法律要求。蘇舉例，當時有一條新法例防止空氣污染，所有同事都要接受有關新法例的培訓。
不過，就算有培訓，有多位驗船官稱不懂「船總長度一成」法規，導致海事處批准有出錯的「南丫四號」穩性計算。蘇指，驗船官修讀船體學時，理應讀到該法規，但未必很深入。
2010 年，蘇升任為助理處長，負責船舶事務，2015 年離開海事處，指期間沒有收到意見反映新入職同事訓練不足。
海難後，政府內部調查建議管理層應提供必需的員工培訓，使員工更能掌握應付工作所需的知識。
蘇：船廠船東亦有責任驗收
消失的水密門令「南丫四號」快速下沉，蘇平治指負責傾斜測試及最後檢驗的驗船官理應檢查水密門。死因研訊主任指，「南丫四號」船尾兩艙之間有個足以讓人穿過的洞，卻沒有驗船官記錄在案，蘇指「視乎個人對呢啲嘢有幾敏感」。
研訊主任指，當時的驗船官只需簡單紀錄未完成項目（outstanding items），讓往後同事更容易跟進。蘇同意這是最理想及合理的做法，「當時我唔係同一個部門，佢哋日常操作點樣，真係唔知。」蘇又指，船廠有責任按圖建船，船東亦有責任檢驗船隻。「船東收船要睇…… 好似收樓咁，船東日日係船到，隻船有咩唔妥當，長期要符合法例要求。」家屬一方指，船東未必懂得驗船，蘇指「船東未必識睇，佢可以請人去睇」，又指驗船時要對比合同及圖則。
蘇出獄後曾任海事處特許驗船師
蘇平治 2018年出獄，在死因庭上稱，2019 年開始船隻有關的代理工作，包括融資，出入口及買賣。
海事處於前年向蘇平治批出特許驗船師資格，為期一年。根據最新一份「獲承認當局、特許機構及特許驗船師名單」，名單上已沒有蘇的名字。
本港低風險船隻的圖則審批及檢驗，除了由海事處驗船官負責，船東亦可以直接委託獲處方承認的特許驗船師及特許機構處理。
海事處 2021 年曾駁回蘇平治的申請為特許驗船師，但他上訴至行政上訴委員會後勝訴。
前海事處處長廖漢波（左）：「海事處要處理過百條法例，我無咁嘅時間做呢樣嘢」。
運房局內部調查列處方不足 時任處長不同意大部分批評
2013年6月運房局成立內部調查小組，就海事處過往在「南丫四號」執行職務時的缺失和不足進行調查。內部調查報告雖然沒有正式完整公開，但根據運房局於 2014 年 4 月公佈的調查摘要，17 名海事處人員行為不當，建議向其中 13 人採取紀律行動。摘要提及海事處不足包括：管理及工作文化、內部溝通不足和缺乏監察機制。
前海事處處長廖漢波接受家屬方提問時指，他當時已退休，沒看過報告內容，又否認大部分政府內部調查批評。家屬方向廖逐一指出運房局對海事處意見，指處方主管以至高層人員，都留待下屬在問題出現時報告，若沒收到報告便當作沒問題。廖稱，「唔會講普遍，個別地方係有，我唔會講做嘢鬆散。」
調查指海事處員工只因循向來或舊有做法，導致海事處在執行監管本地船隻的制度方面重重出錯。廖說，驗船官雖做事保守，未必主動做事，但該情況不會很廣泛，「個別情況係有，任何機構都有咁嘅情況。」 家屬代表大律師質疑，廖曾否嘗試主動了解部門各自為政的問題？廖指，海事處要處理過百條法例，「我無咁嘅時間做呢樣嘢」。
調查又指處方缺乏監察機制、備存紀錄嚴重不足、給予員工的指示多以口耳相傳，廖稱事故前當局一直運作𣈱順，不覺得有問題，但都有改善空間。
廖漢波海難逾半年才公開道歉 退休後任集團董事
廖漢波於 2011 年出任海事處處長，南丫海難發生八個月後，廖才在立法會公開向家屬及市民致歉。時任運房局局長張炳良，曾在傳媒訪問中指內部調查「不可能不公開結果，政府需要向公眾交代。」不過，完整報告仍未有對外公開。
小組 2014 年 3 月向局長提交調查報告，廖早在結果公佈一個月前已退休，並由時任政府新聞處處長黃偉綸接替，黃現為財政司副司長。廖漢波離開海事處後，曾出任潤利海事集團控股有限公司獨立非執行董事，直到2023年離任。
死因研訊至今傳召 45 名海事處職員，包括 20 多名曾上到南丫四號的驗船官，分別負責圖則審批和船隻檢驗，但無人認錯。
港九小輪：無員工反映工時長問題
「南丫四號」被港九小輪「海泰號」相撞後，兩名船長被判入獄，是次死因研訊的其中一個重點是探討船員懷疑超時工作的問題。
港九小輪董事張大基出庭指，公司實行「雙更制」，即船員需 24 小時當值後交更。死因研訊主任問張會否鼓勵員工當值時休息，張反問，「會唔會鼓勵佢休息？無工作派俾佢，你做完工，我相信會坐係到，休息啩……」
死因裁判官問船員當值休航間可以休息多久，會不會短至五分鐘？張指，船員繁忙時期，可休息 15 分鐘，而非繁忙則長至 45 分鐘，「我哋唔係好似天星咁樣」。
家屬一方問，有沒有船員反映工時過長或要求回家休息，張指從沒收到相關要求，又指船上「有床、有空調、有洗手間」供他們休息。
除了港九小輪，張亦出任潤利董事，家屬一方問張是否得知廖漢波曾任潤利獨立非執行董事，張稱不知道。
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